ÚLTIMO MILENIO:

Durante la primera temporada del nuevo milenio, entre los años 2000 y 2001, el equipo consigue la tercera posición dentro de la primera división Española por lo que consigue clasificarse para la temporada 2001/2002 de la Champions League de la mano de Luis Aragonés. EL 11 de septiembre de 2001 el Real Mallorca hace historia y disputa su primer partido de Champions League en el estadio de Son Moix (actualmente ONO Estadi) donde venció 1-0 al Arsenal FC con gol de Vicente Engonga de penalti.
Durante la Temporada 2002/2003 con Gregorio Manzano en el banquillo, el Real Mallorca gana la Copa del Rey disputada en en Elche ante el Recrativo de Huelva por un total de 3-0, con un gol de Walter Pandiani y dos de Eto'o. La alineación del partido fue la siguiente: Leo Franco, David Cortés, Poli, Nadal, Fernanado Niño, Harold Lozano, Álvaro Novo, Albert Riera, Ibagaza, Eto'o y Pandiani. También jugaron Marcos, Campano y Carlos. En éste partido se movilizaron más de 15.000 mallorquinistas, siendo el récord de seguidores bermellones desplazados para presenciar un encuentro del Real Mallorca fuera de la isla.
La temporada siguiente 2003/2004 Manzao deja el banquillo bermellon para irse al Atlético de Madrid, en su lugar llegó el entrenador portugués Jaime Pacheco. Debido al mal inicio de temporada este fue destituido en la jornada 6 tras perder con el Albacete por 2-1 en el Carlos Belmonte, su sustituto fue Aragonés. El Sabio logro la permanencia
con el equipo mallorquinista a falta de tres jornadas ganando al Real Madrid en el Estadio Santiago Bernabéu por 2-3. También esta temporada jugó la Copa de la UEFA llegando hasta los octavos de final donde es eliminado por el Newcastle United.
En la temporada 2004/2005 se había diseñado con Aragonés en el banquillo, pero la dimisión de Iñaki Saéz le dio la oportunidad de dirigir a la Selección española de fútbol, en su lugar llegó Benito Floro. El inicio de temporada fue malo y en la jornada 8 fue destituido con el equipo situado en la 19º posición y con un panorama desolador. El entrenador que llegó para sustituirlo fue Cúper, un entrenador muy querido por los aficionados mallorquinistas, pero los resultados no mejoraron mucho. En la jornada 31 el equipo estaba situado en la 18ª posición a 11 puntos de la salvación tras perder en casa con el Real Zaragoza a falta de siete partidos, incluso el entrenador reconoció que era prácticamente imposible salvarse, pero allí empezó el milagro de la salvación, coincidiendo con el hundimiento del Levante UD. El Mallorca ganó al Numancia, Espanyol, Athlétic y Deportivo y empató con el Valencia, Osasuna y al Betis en última agónica jornada consiguiendo una permanencia que parecía imposible durante toda la temporada, consiguiendo superar al Levante que tenia 12 puntos más que los mallorquinistas y que sólo sumó 3 puntos de los últimos 30 posibles al final de temporada.
Gregorio Manzano es el entrenador con más partidos de primera división en la historia del club.
En la temporada 2005/2006 después del milagro de la permanencia, Materu Alemany deja la presidencia del club, ocupando su lugar Vicente Grande. Héctor Cúper siguió en el baquillo consiguiendo un irregular arranque. Pero en la jornada 23 presentó su dimisión ya que el equipo llevaba 9 jornadas sin ganar y en su lugar llegó el artífice de la Copa Manzano. La permancia se fragüó con dos victorias de prestigio en el Vicente Calderón 0-1 y en casa ante el Valencia 2-1 a falta de dos jornadas para el final. Con Cúper consiguió 19 puntos en 23 jornadas, con Manzano se consiguió 24 puntos en 15 partidos.
En la temporada 2006/2007 Gregorio Manzano se ganó la continuidad en el banquillo y tras dos años coqueteando con el descenso prometió que esta temporada no pasarían muchos apuros, objetivo que cumplió gracias a que el equipo consiguió la permanencia a falta de 6 jornadas.
En la temporada 2007/2008 hace historia al ganar 7-1 al Recreativo de Huelva, siendo esta su mayor goleada en la historia. Esa misma temporada, y tras una gran remontada en la segunda vuelta, queda 7º a las puertas de la clasificación para la Copa de la UEFA, con Dani Güiza como pichichi nacional con 27 tantos, galardonado además con la Bota de Plata del fútbol europeo y también consiguió ganar en estadios tan complicados como el Camp Nou, Santiago Bernabeu, Mestalla, San Mamés o Sánchez Pijuán.
En la temporada 2008/2009, Güiza fue traspasado al Fenerbahçe turco. También en esta temporada, se produjo una convulsa situación institucional. Tras el fracaso de la venta del equipo al empresario británico Paul Davidson, Vicenç Grande dimitió de su cargo, y el presidente pasó a ser Joaquín García. Tras un tiempo, esta situación desembocó en el regreso de Alemany a la presidencia del club. Deportivamente, el Mallorca llegó hasta las semifinales de la Copa del Rey, donde fue eliminado por el FC Barcelona. El Mallorca perdió 2-0 en Barcelona y empató en el ONO Estadi. El equipo de Manzano consiguió la permanencia a falta de 4 jornadas para finalizar el campeonato gracias a los 37 puntos conseguidos en la segunda vuelta.
La temporada 2009/2010, ha empezado con la compra de Mateu Alemany del paquete accionarial de Vicente Grande, para posteriormente vendérselo a la familia Martí Mingarro. El entrenador Manzano se desesperaba al comprobar que no llegaban los refuerzos para suplir las impotantísimas bajas del equipo (Arango, Moyà, Cléber Santana, David Navarro, Scaloni y Jurado). Al final durante las dos últimas semanas del mercado fueron llegando los fichajes de Rubén Gonzalez, Bruno China, Mattioni, Julio Álvarez, Pezzolano y el que está destinado a ser la estrella del equipo Borja Valero.
Además el técnico Gregorio Manzano se ha convertido en esta temporada en el entrenador con más partidos en Primera División con el RCD Mallorca. El Mallorca está realizando un gran inicio de temporada posicionándose 6º en la clasificación.
La familia Martí Mingarro no ha podido cumplir con la gestión económica del club. Todos los componentes del Real Mallorca, desde los futbolistas hasta los proveedores, pasando por el personal del club, siguen sin cobrar sus nóminas. La coyuntura económica de la entidad es alarmante, y viene heredada de la pésima gestión del mal propietario Viçens Grande. Por este motivo, los Martí Mingarro Asensio decidieron deshacer el acuerdo de venta el día 11 de octubre de 2009 devolviéndo el club a Mateu Alemany, un excelente Gestor y abogado, siendo lo mejor para el RCD Mallorca.